巩固福建海防 东山作战大捷
朝鲜战争爆发后，美国第7舰队进入台湾海峡，支持蒋介石集团进犯大陆。此后，美国的空军第13航空队在台湾成立了“台湾前进指挥所”，第7舰队也成立了“海军联络部”以统一指挥台湾的海空军部队。由此造成华东沿海，特别是福建沿海的紧张局势。为了巩固东南沿海的海防，中共中央及毛泽东作出了指定陈毅负责指挥华东全局，谭震林负责指挥浙江、叶飞负责福建前线的指挥的决定。
为完成中共中央赋予的福建前线的重要领导和指挥之责，叶飞一方面部署兵团所属3个军及新增调入闽的第24、第25军作继续攻金准备；另一方面组织福建剿匪作战。
在福建剿匪作战中，叶飞针对国民党特务机关不断派遣高级特务潜入内陆，并任命胡琏为“福建游击军区司令”以及福建山高林密、海阔港深、至1949年冬已拥有土匪240余股4万余人的敌情，依据“军事清剿、政治瓦解、发动群众、武装自卫”和“镇压与宽大相结合”的方针和政策，在匪情严重的地区，组成党政军一元化的领导机构，以主力部队为主，在地方武装和民兵协同下，实施重点清剿，采取奇袭、合围手段，一举扑灭了大股土匪，随后即转入分散驻剿和追剿小股散匪。直至1950年12月，在全省范围内歼灭土匪5．5万余人，其中包括国民党派遣潜入大陆的武装匪特14股，解放了全部被土匪占领的县城，仅尚存藏匿山地的4000残匪以及流窜海上的海匪3000余人。
1951年1月，毛泽东为鼓励福建剿匪斗争，亲自来电慰勉，指示叶飞所部要“继续不懈，坚持到底”，并在人民同意之下坚决迅速地处死那些“一切为民众痛恨的匪首、惯匪及恶霸”，以彻底消除匪患。此后，叶飞具体部署第29军和第32军等部队以极为细致周密的艰苦斗争，对散匪、潜匪进行了追踪搜捕，终于同年5月全部肃清了土匪，消除了攻台和恢复建设的后顾之忧。
由于抗美援朝和军队建设的需要，福建的第24、第25、第32军先后调离或整编。福建地区仅留下第28、第29军和第31军3个军，负责防御1000余公里长的海岸线。
当时福建军区首脑机关对巩固海防的作战方针有两种不同的意见：一种是，将3个军全部投入防御，但这样做纵深就没有了机动兵力，一旦有情况会非常被动和不利；第二种是，只以两个军担任防御，而以一个军为纵深机动兵力，这样做比较主动和有利。在叶飞的主持下，军区“一班人”将认识统一到了第二种方案上来。为解决机动部队沿海岸线快速运送问题，叶飞曾请求华东军区，拟调华东军区唯一的汽车团负责运输保障，但未获批准。于是他采取临时征用福建省民用汽车的办法，取得了良好的效果，由此大大提高了机动预备兵力的应急增拨的输送问题。便担负机动任务的军，成为了“摩托化军”。
在福建前线防御问题上，叶飞曾与苏联顾问就沿海采取“积极防御”还是“消极防御”问题上产生了不同意见。不了解中国特点的苏联顾问一定要叶飞来用单纯地消极防御的方针，御敌于海上。而叶飞所采用的实际上是经中央军委以及华东军区批准的诱敌深入，然后聚而歼之的积极防御方针，以此来弥补解放军没有海军的短处，发挥陆军的长处，一实行“关门打狗”一办法。这就使得苏联顾问无法接受并认为是天方夜谭。、而当叶飞借鉴第二次世界大战中英美军队登陆作战的经验时，就更加恼怒了苏联顾问。他们一回到华东军区后，就向陈毅司令员告状。那位苏联总顾问直到回国前途经北京时，还向毛泽东告状说“叶飞此人靠不住”，要毛泽东撤叶飞的职，还说要告到斯大林那里去。关于此事，陈毅和彭德怀都向叶飞作了通报，他们都是不买苏联顾问账的有胆有识的军事指挥员。
1953年7月15日，国民党台湾当局派出舰艇12艘。还出动了空军、陆军和空降兵部队，在胡滚的指挥下对东山岛发动了猛烈的进攻。登陆蒋军由21辆水陆两用战车为前导，攻占东山县城后，使用了伞兵空降，将国民党伞兵总队第1大队和工兵、警卫分队投下，切断了东山岛与陆地的联系。在国民党军的疯狂进攻下，东山全岛仅制高点200高地仍为解放军所固守，其余地反均沦为敌手。
在东山岛作战指挥中，叶飞始终保持着与岛上守备部居的络。并按照预定方案，命令第31军大部与第28军一部，分别援东山。
增援部队于当夜和第2天拂晓分别送至东山，全歼了国民党伞兵，打通了与坚守东山岛200高地部队的联络。战斗第3日即配合岛上部队通过迂回包围，将大部登陆之敌歼灭。是役，共歼敌1万余人，其中有伞兵700余人。这一仗得到了毛泽东的工接关注。战斗的第3天中午，毛泽东直接与叶飞通了电话，毛泽东说，要注意国民党军从另外地方登陆。并询问叶飞，兵力够不够？需不需要增援？叶飞回答到：我们对国民党军在第二个方向登陆已有充分准备、现在军区手上还掌握有1个军的机动兵力随时准备对付国民党军的新的登陆进攻。
东山战斗的大胜，使胡琏吃了大苦头，没有敢在其它地方再做动作。此战获胜后，毛泽东非常高兴，特地发来电报嘉奖叶飞所部。
陆上统兵数十万、海上运筹南北东的菲律宾归侨
人民解放大军区和海军司令员叶飞上将
自菲律宾归来 走上革命征程
开展游击战争 坚持闽东一隅
闽浙边蒙冤屈 顾大局迎抗战
北上整军抗日 游击苏南地区
率部越过长江 全力发展苏北
黄桥反顽大战 站稳苏北阵地
反投降反伪化 反“扫荡”反“清剿”
车桥痛歼日寇 迎接抗战胜利
奉命北上山东 转战解放战场
宿北首获大胜 鲁南莱芜告捷
指挥孟良总攻 睢杞再战得手
飞越长江天堑 军旗直插淞沪
指挥入闽作战 解放福建全省
金门作战失利 自请降职处分
巩固福建海防 东山作战大捷
构筑厦门海堤 兴建陆路机场
指挥炮击金门 严惩美蒋勾结
归侨杰出精英 中华民族栋梁
