反投降反伪化 反“扫荡”反“清剿”
皖南事变后，重建新四军军部，陈毅任军长，刘少奇任政治委员。华中新四军部队统一整编为7个师。原苏北指挥部所属部队编为第1师，粟裕任师长，刘炎任政治委员，叶飞任副师长。原第1纵队编为第1旅，叶飞兼任旅长和政治委员。张藩任参谋长、吉洛任政治部主任。
1941年2月13日，苏北鲁苏皖游击副总指挥李长江率1万多人公开投敌，就任汪伪军第1集团军总司令。2月18日，陈毅、刘少奇发布《讨伐李逆长江命令》，任命粟裕为讨逆总指挥，叶飞为副总指挥兼前敌指挥，“迅率所部歼灭李逆”。
在叶飞指挥下，第1师第1旅等部担任左路，首先攻克姜埝并扫清了泰州城东、城南的外围阵地，为中路主攻泰州的第2旅打开了通道，然后协同攻击泰州城，并向扬州、泰兴方向警戒。第3旅为右路，由泰州城北向南进攻。在第1师的打击下，李长江弃泰州城西逃。第1师分途发起追击。是役，共俘获伪军4000余人，并争取其2个支队战场反正。
叶飞十分重视敌工工作。苏中党政领导也先后多次派出惠浴宇、朱克靖、黄逸峰、夏征农等负责干部领导和开展伪军工作。在他直接领导下的第3地委，由朱克靖、陈玉生分别担任敌工委正副主任，由于敌工工作的深入开展，先后策动了施亚夫、龚永嘉、吴回升、薛仁杰等多批伪军起义反正，给日伪军以极大震摄。
叶飞与三分区司令员陈玉生关系十分融洽，他在兼任第1旅长和政治委员时与陈玉生的相互配合也十分默契。而陈玉生司令员的夫人杨桂芳却对陈玉生这个无兵司令很不满意。为团结和帮助杨桂芳，叶飞让自己的夫人王于耕作杨桂芳工作，并于1942年发展她加入了中国共产党，并任命她为新四军副团长。杨桂芳是位女英雄，腰间插着两支驳壳枪，骑着高头大马，在部队和群众中有很高的威望。
在叶飞和陈玉生的领导下，第3分区在日伪据点村立，“扫荡”频繁的形势下，还开辟了一条秘密的地下交通线，从这里掩护了大批革命者和文化人士，成为苏中通往上海的安全通道。
同年3月，苏中军区正式成立。同月，中共中央华中局划定苏中区的范围为：东台、兴化以南，长江以北，运河以东，黄海以西，总面积约2万余平方公里。其中苏中区面积占全区47%，游击区约占17％，人口约817万。叶飞所兼任的第1旅也同时兼苏中第3军分区。
从4月起，叶飞所兼任的第三旅兼苏中第3军分区开始对日军进行反“扫荡”作战。
同年夏，日军以第15师团、第17师团和第11旅团各一部，接替独立第 12旅团的防务，然后由独立第 12混成旅团集结于东台、兴化、射阳一带，由旅团长南浦襄吉指挥日伪军
1． 7万人，兵分四路向新四军军部所在地盐城大举“扫荡”。
为支援军部反“扫荡”，叶飞率领第三旅和第3军分区部队向苏中古溪大据点伪军发起进攻，经两小时激战，以百余人伤亡的代价全歼伪军五个团。接着乘胜攻占黄桥和处于长江之滨的日伪重要据点天生桥。并开始围困泰兴城，终于使日军南浦旅团从盐城战场回兵救援，从而解了新四军军部之围。是役，叶飞和全旅受到了刘少奇的电报嘉奖。
此后，叶飞采用与南浦旅团反复周旋，并寻机打击日伪军的“蘑菇战术”，使南浦旅团疲于奔命，“扫荡”就此被粉碎。
同年11月，叶飞在主力开辟江都、高邮、宝应地区后，仅以1个团和一些地方部队再次挫败了日伪军的三路“扫荡”。进入1941年后，日军“扫荡”更为频繁，日伪军2千兵力的区域性“扫荡”，每10至15天就有一次，全区规模的“扫荡”l至2个月就有一次。斗争环境更加艰苦。为保卫根据地，坚持敌后长期斗争，苏中三分区和第1旅把建立和发展地方武装作为根据地发展的一项主要内容。
为建设地方武装，叶飞以分区警备旅5个连队分别编入各县警卫团作为骨干连队，使县级地方武装团队迅速建立起来，在反“扫荡”作战中发挥了十分重要的作用。至同年6月底，仅不脱产民兵也发展到5万余人，脱产自卫队3000余人。这些人民武装在紧密配合地方部队开展游击战争中充分显示了其巨大作用。1942年秋，如西县泰丁庄民兵2万余人依靠自己的力量就驱逐了下乡抢粮的100余伪军并跟踪追至日伪据点，拆毁了日伪军设置的全部竹篱笆。泰兴县三区2万余群众在民兵掩护下还包围了日伪据点，迫使伪军撤回征粮队。
叶飞领导的苏中3分区和第1旅自 1943年7月至 1944年6月底，共作战138次，收复据点15个，攻袭据点19个，歼灭日伪军3000余人（内俘日军8人，毙伤日军144名，俘其伪军1685名，毙伤伪军1260名）争取伪军反正845名。为华中抗战作出了重要贡献。
陆上统兵数十万、海上运筹南北东的菲律宾归侨
人民解放大军区和海军司令员叶飞上将
自菲律宾归来 走上革命征程
开展游击战争 坚持闽东一隅
闽浙边蒙冤屈 顾大局迎抗战
北上整军抗日 游击苏南地区
率部越过长江 全力发展苏北
黄桥反顽大战 站稳苏北阵地
反投降反伪化 反“扫荡”反“清剿”
车桥痛歼日寇 迎接抗战胜利
奉命北上山东 转战解放战场
宿北首获大胜 鲁南莱芜告捷
指挥孟良总攻 睢杞再战得手
飞越长江天堑 军旗直插淞沪
指挥入闽作战 解放福建全省
金门作战失利 自请降职处分
巩固福建海防 东山作战大捷
构筑厦门海堤 兴建陆路机场
指挥炮击金门 严惩美蒋勾结
归侨杰出精英 中华民族栋梁
